SINH HỌC 12 · Hệ thống operon Lac: đọc sơ đồ, ba câu hỏi, bảng chân lý đột biến và phép đếm số lần
Đặc huấn hệ thống khái niệm Sinh học 12 về operon Lac: đọc sơ đồ chưa gắn nhãn bằng bằng chứng, hệ thống ba câu hỏi, bảng chân lý theo vị trí đột biến, cây…
THPT AI LUKATO · SINH HỌC 12 · ĐẶC HUẤN HỆ THỐNG KHÁI NIỆM
Hệ thống operon Lac: đọc sơ đồ, ba câu hỏi, bảng chân lý đột biến và phép đếm số lần
Một chuỗi khái niệm liền mạch cho mọi tình huống về operon Lac: nhận diện từng vùng trên sơ đồ dựa vào bằng chứng, trả lời ba câu hỏi nối tiếp (ai gắn với ai, RNA polymerase có bị chặn không, gene cấu trúc có phiên mã không), tự lập bảng chân lý theo vị trí đột biến, đếm đúng số lần tái bản, phiên mã, dịch mã, và hiểu vì sao điều hòa ở mức phiên mã lại tiết kiệm. Sáu phòng thí nghiệm tương tác và ba hoạt cảnh để em tự khám phá quy luật thay vì học thuộc.
9 SƠ ĐỒ TỰ DỰNG 6 PHÒNG THÍ NGHIỆM 3 HOẠT CẢNH 6 CÔNG CỤ LUKATO 8 CÂU TRẮC NGHIỆM TỰ ĐÁNH GIÁ MỌI TRẠNG THÁI ĐÃ LIỆT KÊ BẰNG MÁY
01 · TOÀN CẢNH
Bản đồ tư duy
Mọi tình huống về operon Lac, dù là sơ đồ có vùng được đánh số, bảng chủng đột biến hay so sánh số lần phiên mã, đều đi trên cùng một chuỗi: gene lacI luôn tạo một lượng nhỏ protein ức chế; khi không có lactose, protein ức chế gắn vào vùng vận hành và chặn RNA polymerase nên ba gene cấu trúc không được phiên mã; khi có lactose, chất cảm ứng gắn vào protein ức chế làm nó rời vùng vận hành, RNA polymerase phiên mã cả ba gene thành một mRNA, ba enzyme được tạo ra, lactose bị phân giải dần và operon lại đóng . Các phần còn lại của bài chỉ là những cách nhìn khác nhau vào chuỗi đó: đọc hình, trả lời ba câu hỏi, lập bảng đột biến, đếm chủng, đếm số lần và giải thích vì sao tế bào chọn cách điều hòa này.
Vuốt ngang để xem hết sơ đồ
Vì sao đơn vị này đáng được học như một hệ thống
- Đọc sơ đồ là đọc bằng chứng, không phải nhớ vị trí trên giấy. Số hiệu vùng, chiều vẽ và cách tô màu có thể đổi; thứ không đổi là "ai bám vào đâu" và "ai nằm ngoài cụm gene". Công cụ: Bộ Giải Mã Sơ Đồ .
- Mọi tình huống quy về ba câu hỏi nối tiếp. Ai gắn với ai, RNA polymerase có bị chặn không, gene cấu trúc có phiên mã không. Trả lời đúng thứ tự thì không cần học thuộc từng chủng. Công cụ: Ba Câu Hỏi .
- Bảng đột biến là bảng chân lý hai cột. Mỗi vị trí hỏng mất đúng một chức năng; chức năng đó nằm ở đâu trong chuỗi quyết định hệ quả. Công cụ: Bảng Chân Lý Vị Trí .
- Đếm chủng là chạy một cây quyết định. Chỉ cần ba nhánh kiểm tra theo đúng thứ tự là đếm được không sót, không dư. Công cụ: Cây Đếm Chủng .
- So sánh "số lần" cần chính xác từng chữ. Tái bản, phiên mã, dịch mã mỗi quá trình có một quy tắc "cùng số lần" riêng. Công cụ: Sổ Cái Số Lần .
- Giải thích "vì sao" cần một lập luận kinh tế. Chặn sớm hay chặn muộn khác nhau ở lượng tài nguyên đã tiêu. Công cụ: Cán Cân Tiết Kiệm .
Quy ước của bài (mô hình phổ thông)
- Chỉ xét có hay không có lactose; bỏ qua ảnh hưởng của glucose.
- Khi môi trường có lactose, chất cảm ứng vào được tế bào và gắn được vào protein ức chế bình thường.
- Đột biến "mất chức năng" làm mất hoàn toàn chức năng của đúng thành phần bị đột biến, không ảnh hưởng thành phần khác.
- Operon "hoạt động" nghĩa là nhóm gene cấu trúc được phiên mã. Operon "đóng" thực tế vẫn rò rỉ một lượng mRNA rất nhỏ, nhưng ở mức phổ thông xem như không phiên mã.
Học xong, em làm được
- Gọi đúng tên và vai trò của promoter của lacI, gene lacI, vùng khởi động P, vùng vận hành O, lacZ, lacY, lacA, protein ức chế, chất cảm ứng; chỉ ra thành phần nào thuộc operon, thành phần nào không.
- Đọc một sơ đồ chưa gắn nhãn, gán tên cho từng vùng và từng phân tử dựa trên bằng chứng, kể cả khi sơ đồ vẽ đảo chiều.
- Giải thích hai trạng thái của operon và vòng tự đóng lại khi hết lactose.
- Dùng ba câu hỏi để dự đoán biểu hiện của bất kì chủng nào, kể cả chủng mang hai đột biến.
- Lập bảng chân lý theo vị trí đột biến, phân biệt luôn mở, luôn đóng, cảm ứng, và "phiên mã nhưng enzyme mất chức năng".
- Đếm đúng số chủng đột biến phiên mã liên tục bằng cây quyết định, phân biệt "operon hoạt động" với "enzyme có chức năng".
- Nêu chính xác khi nào hai gene có cùng số lần tái bản, cùng số lần phiên mã, cùng số lần dịch mã.
- Giải thích vì sao điều hòa ở mức phiên mã tiết kiệm năng lượng, và nói được đóng góp của Jacob và Monod.
02 · CẤU TRÚC VÀ CÁCH ĐỌC SƠ ĐỒ
Từng thành phần là ai, nằm ở đâu, làm gì
Bốn khái niệm đầu đủ để gọi tên mọi vùng trên mọi sơ đồ. Quy ước màu xuyên suốt bài: tím là gene điều hòa lacI, xanh dương là vùng khởi động P, vàng là vùng vận hành O, xanh lục là ba gene cấu trúc, đỏ là protein ức chế (hoặc thành phần bị đột biến), cam là RNA polymerase.
Khái niệm 1. Operon và gene điều hòa
Định nghĩa Operon là cụm gene cấu trúc liên quan về chức năng, nằm liền nhau, cùng chịu sự điều khiển của một vùng điều hòa chung và được phiên mã thành một mRNA chung (mRNA đa cistron: một mRNA mang thông tin của nhiều gene). Operon Lac của E. coli gồm vùng khởi động P, vùng vận hành O và ba gene cấu trúc lacZ, lacY, lacA. Gene điều hòa lacI nằm ngay trước operon nhưng không thuộc operon : nó có promoter riêng, được phiên mã độc lập, và sản phẩm của nó là protein ức chế.
Vuốt ngang để xem hết sơ đồ
Ví dụ đối lập Gene cấu trúc mã hóa protein trực tiếp tham gia hoạt động của tế bào (ở đây là enzyme). Gene điều hòa mã hóa protein điều khiển gene khác. Còn P và O không mã hóa protein: chúng là trình tự DNA làm "điểm bám" cho protein khác.
Hiểu nhầm phổ biến: "Gene điều hòa chỉ hoạt động khi không có lactose". Sai. lacI được phiên mã ở mức thấp, ổn định, bất kể môi trường. Lactose không quyết định protein ức chế có được tạo ra hay không, mà quyết định nó có gắn được vào vùng vận hành hay không.
Khái niệm 2. Vùng khởi động và vùng vận hành: hai điểm bám khác nhau
Định nghĩa Vùng khởi động (promoter, P) là trình tự DNA nơi RNA polymerase bám vào để bắt đầu phiên mã. Vùng vận hành (operator, O) là trình tự DNA nơi protein ức chế bám vào; khi có protein ức chế ở đây, RNA polymerase không đi tiếp được vào nhóm gene cấu trúc. Theo chiều phiên mã, thứ tự là: promoter, operator, rồi ba gene cấu trúc.
Trình tự · Ai bám vào · Vai trò · Thuộc operon?
Promoter của lacI · RNA polymerase · Khởi đầu phiên mã gene lacI, ở mức thấp, ổn định · Không (thuộc gene điều hòa)
Vùng khởi động P · RNA polymerase · Khởi đầu phiên mã nhóm gene cấu trúc · Có
Vùng vận hành O · Protein ức chế · Nơi "đặt khóa": có protein ức chế thì RNA polymerase bị chặn · Có
lacZ, lacY, lacA · Không ai bám để điều hòa; RNA polymerase chỉ đi qua · Mã hóa ba enzyme · Có
Quy tắc Hỏi "RNA polymerase bám vào đâu" thì đáp: vùng khởi động. Hỏi "protein ức chế bám vào đâu" thì đáp: vùng vận hành. Hai câu hỏi có hai đáp án khác nhau và không bao giờ hoán đổi.
Hiểu nhầm phổ biến: "Protein ức chế bám vào vùng khởi động" hoặc "RNA polymerase bám vào vùng vận hành". Cả hai đều là hoán đổi tên. Gợi nhớ: khởi động là chỗ máy phiên mã khởi động (RNA polymerase); vận hành là chỗ người điều khiển đặt tay vào để cho phép hay không cho phép (protein ức chế).
Khái niệm 3. Protein ức chế và chất cảm ứng
Định nghĩa Protein ức chế do gene lacI mã hóa có hai chỗ gắn: một chỗ khớp với vùng vận hành, một chỗ gắn chất cảm ứng. Khi chất cảm ứng gắn vào, protein đổi hình và không còn khớp với vùng vận hành nên rời khỏi DNA. Chất cảm ứng thực sự là allolactose , một đồng phân của lactose được tạo ra từ lactose; nhiều sơ đồ phổ thông ghi gọn là lactose. Đây là kiểu điều hòa âm tính : protein ức chế "khóa" gene, chất cảm ứng "mở khóa".
Mức nền Operon đóng vẫn phiên mã rất ít nên tế bào luôn có sẵn vài phân tử permease và beta-galactosidase. Nhờ vậy những phân tử lactose đầu tiên vào được tế bào và được chuyển thành chất cảm ứng.
Ví dụ đối lập Chất cảm ứng không gắn vào DNA và cũng không gắn vào RNA polymerase. Nó chỉ gắn vào protein ức chế.
Hiểu nhầm phổ biến: "Lactose gắn vào vùng vận hành" hoặc "lactose kích hoạt RNA polymerase". Sai: lactose (dạng chất cảm ứng) tác động lên protein ức chế, còn protein ức chế mới là phân tử tác động lên DNA.
Khái niệm 4. Ba enzyme và vì sao ba gene chung một công tắc
Định nghĩa lacZ mã hóa beta-galactosidase , enzyme thủy phân lactose thành glucose và galactose. lacY mã hóa permease , protein vận chuyển lactose qua màng vào tế bào. lacA mã hóa transacetylase . Để dùng lactose, tế bào cần permease đưa lactose vào và beta-galactosidase phân giải nó cùng lúc; ba gene nằm liền nhau dưới một công tắc chung nên được bật và tắt đồng bộ.
Ví dụ đối lập Enzyme của operon Lac không tạo ra lactose mà phân giải lactose; khi lactose cạn, chính điều đó làm operon tự đóng lại (phần 03).
Công cụ 1. Bộ Giải Mã Sơ Đồ
Khi nào dùng: khi cần gọi tên các vùng và các chất trên một sơ đồ có vùng đánh số hoặc chưa gắn nhãn.
- Tìm chiều phiên mã (mũi tên, hoặc đầu 5' và 3' của mRNA). Chiều này định nghĩa "trước" và "sau", kể cả khi hình vẽ đảo chiều.
- Tìm cụm ba gene liền nhau cùng một mRNA : đó là nhóm gene cấu trúc. Vùng ngay trước cụm là vùng vận hành; vùng xa hơn là vùng khởi động.
- Tìm gene có mũi tên riêng tạo ra phân tử có hõm : đó là gene điều hòa, nằm ngoài operon; phân tử có hõm là protein ức chế.
- Hỏi ai bám vào đâu : RNA polymerase bám vùng khởi động; protein ức chế bám vùng vận hành.
- Hạt nhỏ gắn vào protein ức chế làm nó đổi hình : chất cảm ứng, chỉ có khi môi trường có lactose.
- Có mRNA của nhóm gene hay không cho biết operon đang mở hay đóng.
GIA SƯ NHẮC Đừng gọi tên vùng theo vị trí trên giấy ("vùng bên trái là promoter"). Bài trong phòng thí nghiệm dưới đây cố ý đảo chiều hình và đổi chữ cái để em phải đi từ bằng chứng.
PHÒNG THÍ NGHIỆM 1
Bộ giải mã: gọi tên vùng dựa vào bằng chứng
Hình dưới chưa gắn nhãn: các vùng chỉ có chữ cái, và chiều vẽ có thể bị đảo. Chọn một mục, gán tên cho nó, rồi bấm Kiểm tra. Bấm "Hiện dấu hiệu" để xem cách đọc hình. Nút thứ ba tạo một hình đảo chiều với chữ cái bị xáo trộn: nếu em gọi tên theo vị trí trên giấy thì sẽ sai.
Vuốt ngang để xem hết sơ đồ
Bước 1. Chọn một mục trong hình:
Bước 2. Gán tên cho mục đã chọn:
03 · CƠ CHẾ
Hai trạng thái và vòng tự đóng lại
Operon Lac là một công tắc có hai trạng thái và một vòng phản hồi . Hiểu hai trạng thái là hiểu mọi sơ đồ; hiểu vòng phản hồi là hiểu vì sao công tắc không kẹt ở trạng thái mở.
Khái niệm 5. Năm bước của một chu kì
- Không có lactose: protein ức chế ở dạng gắn được vào vùng vận hành, và đang gắn vào đó.
- RNA polymerase bị chặn: protein ức chế ở vùng vận hành cản đường nên RNA polymerase không phiên mã được ba gene cấu trúc.
- Có lactose: lactose vào tế bào, chất cảm ứng gắn vào protein ức chế; protein đổi hình và rời khỏi vùng vận hành.
- Không còn bị chặn: RNA polymerase đi qua vùng vận hành, phiên mã cả ba gene thành một mRNA, ribosome dịch mã thành ba enzyme.
- Lactose bị phân giải hết: chất cảm ứng không còn, protein ức chế quay lại dạng gắn được và gắn vào vùng vận hành; operon đóng.
Vuốt ngang để xem hết sơ đồ
Ví dụ đối lập Operon Lac được điều hòa theo kiểu cảm ứng : mặc định đóng, chất cảm ứng làm nó mở. Điều này khác với một số operon tổng hợp chất trong tế bào (như operon tổng hợp amino acid) vốn mặc định mở và bị tắt khi sản phẩm cuối đủ nhiều; điều đó nằm ngoài phạm vi bài này nhưng cho thấy "mở hay đóng mặc định" tùy hệ.
Hiểu nhầm phổ biến: "Khi có lactose, protein ức chế bị phân hủy" hoặc "không còn được tạo ra". Sai. Protein ức chế vẫn còn, chỉ là đã đổi hình nên không gắn được vào vùng vận hành. Nó sẵn sàng gắn lại ngay khi chất cảm ứng cạn.
HOẠT CẢNH 1
Một chu kì của công tắc operon Lac
Theo dõi protein ức chế, chất cảm ứng, RNA polymerase và lượng lactose qua năm bước. Kéo thanh để tua, hoặc bấm nút để nhảy đến từng bước.
Vuốt ngang để xem hết sơ đồ
Khái niệm 6. Vòng phản hồi: enzyme tự làm cạn tín hiệu
Định nghĩa Beta-galactosidase do operon tạo ra phân giải lactose, mà lactose (qua chất cảm ứng) lại là tín hiệu giữ operon mở. Lượng lactose giảm thì lượng chất cảm ứng giảm, protein ức chế gắn trở lại, operon đóng: sản phẩm của gene tự làm tắt tín hiệu bật gene. Đó là điều hòa phản hồi âm .
Hệ quả Tế bào chỉ tạo thêm ba enzyme trong khoảng thời gian có lactose. Hết lactose thì mRNA không được tạo thêm; mRNA đã tạo tiếp tục được dịch mã cho đến khi bị phân giải, còn enzyme đã tạo vẫn tồn tại một thời gian, nên lượng enzyme giảm dần chứ không biến mất ngay.
GIA SƯ HỎI Vì sao gene lacI vẫn tạo protein ức chế khi có lactose? Đáp: lacI không bị lactose điều khiển. Protein ức chế luôn được tạo ở mức thấp; chất cảm ứng chỉ quyết định nó gắn hay không gắn vào vùng vận hành. Nhờ vậy khi lactose hết, đã có sẵn protein để đóng operon ngay.